Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Semarang merupakan unit pelaksana teknis (UPT) Badan Penelitian dan Pengembangan Agama dan Diklat Keagamaan (Balitbang Agama dan Diklat Keagamaan), yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala Balitbang Agama dan Diklat Keagamaan.
Pembinaan teknis terhadap Balai Litbang Agama Semarang ini dilaksanakan oleh Kepala Pusat Penelitian dan Pengembangan Bimas Agama dan Layanan Keagamaan, Pendidikan Agama dan Keagamaan dan Bidang Lektur, Khazanah Keagamaan dan Manajemen Organisasi dan pembinaan administratif oleh Sekretaris Balitbang Agama dan Diklat Keagamaan.
Sebagai UPT Badan Litbang dan Diklat Keagamaan di daerah, Balai Litbang Agama Semarang mempunyai tugas melaksanakan penelitian dan pengembangan agama di bidang Bimas Agama dan Layanan Keagamaan, Pendidikan Agama dan Keagamaan dan Bidang Lektur, Khazanah Keagamaan dan Manajemen Organisasi, pada wilayah kerja yang meliputi 9 provinsi yakni, Jawa Tengah, DI Yogyakarta, Jawa Timur, Kalimantan Selatan, Kalimantan Tengah, Kalimantan Barat, Bali, Nusa Tenggara Barat dan Nusa Tenggara Timur.
Lembaga ini dipimpin oleh seorang kepala yang dalam menjalankan tugas sehari-hari perkantoran dibantu oleh Kepala Sub Bagian Tata Usaha dan para kepala urusan yang meliputi:
Di samping itu terdapat tenaga fungsional peneliti yang mempunyai tugas pokok membina, mengkaji dan menyelenggarakan penelitian keagamaan di wilayah kerja Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Semarang. Untuk menyelenggarakan tugas tersebut, kelompok peneliti mempunyai tiga fungsi yaitu :
Struktur Balai Litbang Agama Semarang