Balai Penelitian dan Pengembangan Agama Semarang merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Badan Litbang dan Diklat Kementerian Agama. Sebelumnya lembaga pemerintah yang bergerak dalam bidang penelitian dan pengembangan agama ini bernama Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan. Lahirnya lembaga penelitian ini ditandai oleh terbitnya tiga Keputusan Menteri Agama, yakni Keputusan Menteri Agama Nomor 12 Tahun 1978 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan; Keputusan Menteri Agama Nomor 13 Tahun 1978 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian Lektur Keagamaan yang ada di Makassar;  dan Keputusan Menteri Agama Nomor 14 Tahun 1978 tentang Organisasi dan Tata kerja Balai Penelitian Pendidikan Agama dan Kemasyarakatan yang ada di Jakarta.


Terbentuknya Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan di Semarang didasarkan atas adanya Surat Keputusan Menteri Agama No 12 Tahun 1978. Kemudian disusul dengan Surat Keputusan Menteri Agama  Nomor B II/1/1982/1979 tentang Pengangkatan Bapak Muh. Nahar Nahrawi, SH. sebagai Kepala Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan yang pertama pada tanggal 9 Agustus 1979 di Jakarta. Pada saat itulah mulai berfungsi Kantor Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan di Semarang.


Pada mulanya, Kantor Balai Penelitian Aliran Kerohanian/ Keagamaan ini menempati satu ruang kuliah kampus IAIN Walisongo Semarang. Ruang tersebut digunakan sebagai kantor selama kurang lebih 8 bulan. Pada bulan April 1980, kantor Balai Penelitian Aliran Kerohanian/ Keagamaan pindah ke sebuah rumah di Jalan Purwayoso I/12 Kelurahan Jrakah, Kecamatan Tugu, dengan cara menyewa milik warga.


Keadaan ini berlangsung sekitar 4 tahun, yakni sejak bulan April 1980 sampai dengan bulan Januari 1984. Sejak bulan Februari 1984, Balai Penelitian Kerohanian/Keagamaan Semarang menempati gedung milik sendiri, sebuah bangunan berkonstruksi permanen seluas 320 meter persegi. Gedung tersebut terletak di Jalan Pelem  Kuweni ,Tambakaji, Ngaliyan Kotamadya Semarang. Seiring perkembangan dinamika organisasi dan bertambahnya sarana/prasarana perkantoran, kantor terasa menjadi sempit dan kurang layak untuk mewadahi aktifitas yang semakin meningkat, maka pada tahun 2007 boyongan untukmenempati gedung baru permanen berlantai tiga dengan luas 500 meter persegi di Jalan Untung Suropati kav.69-70, Kelurahan Bambankerep, Kecamatan Ngalian, Kota Semarang.


Untuk menjangkau cakupan persoalan keagamaan di masyarakat yang semakin komplek diperlukan penyesuaian nomenklatur untuk menjangkau persoalan penelitian yang semakin luas, maka berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 346 Tahun 2004 tentang Organisasi dan Tata Kerja Balai Penelitian dan Pengembangan Agama, bahwa nomenklatur Balai Penelitian Aliran Kerohanian/Keagamaan di Semarang menjadi Balai Penelitian dan Pengembangan Agama, dan dengan demikian KMA Nomor 12 tahun 1978 tidak berlaku lagi.


Nomenklatur baru  Balai Penelitian dan Pengembangan Agama tersebut diperkuat surat keputusan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara melalui Surat Nomor B/749/M.PAN/4/2004 tanggal 28 April 2004 tentang Perubahan Struktur Organisasi dan Tata Kerja Balai Litbang Agama dan Balai Diklat Keagamaan serta Keputusan Presiden Nomor 22 dan 23, Tahun 2004 tentang Penggunaan Nama Balai Penelitian dan Pengembangan Agama mulai efektif dipakai.

Kondisi SDM
Sejarah perkembangan Sumber Daya Manusia (pegawai), pada awalnya tahun 1978 Balai Litbang Agama Semarang hanya memiliki dua orang pegawai, seorang pegawai direkrut dari IAIN Walisongo Semarang dan seorang pegawai Kanwil Departemen Agama Daerah Istimewa Yogyakarta.


Pada bulan Oktober 1979, Balai Penelitian Aliran Kerohanian / Keagamaan Semarang mendapat tambahan empat orang pegawai dari Badan Litbang Agama Departemen Agama Jakarta, sehingga pegawai berjumlah 6 orang. Penambahan jumlah tenaga pegawai terus berkembang dari tahun ke tahun. Seiring volume kegiatan yang terus meningkat, saat ini tahun 2020 pegawai Balai Litbang Agama Semarang berjumlah 56 orang. Tetapi kemudian ada peralihan dari Kementerian ke BRIN. Karena peralihan tersebut, kini pegawai BLA Semarang hanya 36 orang.